南山别院是三亚南山文化旅游区里最早的寺庙建筑，于1993年建成。南山功德基金会的所在地。1996年，为促进中外佛教文化的交流，加强佛教界的友好合作，广结善缘，弘宣佛法，南山功德基金会成立，基金会将募集资金以利于建设南山寺和佛门的善行。
祖师、罗汉、菩萨、佛陀同登宝殿，善女、信男、达官、缙士共建迦蓝。这幅楹联由南山寺已圆寂的住持圆湛大和尚和慧庄法师联句。圆湛大和尚曾任中佛协常务理事、中国佛学院栖霞分院副院长，佛学造谐很深，工书能诗，多才多识。这幅楹联由三亚市委原副书记、南山管委会首任主任潘家君先生所书。
2009年，南山寺为南山别院尼众道场，举行洒浄仪式。南山寺首座智法法师与光善法师在南山别院大雄宝殿主礼了洒净仪式。南山寺70多名僧尼参加了仪式。启建尼众道场是为了更好的完善佛教的四众道场，在三亚市宗教局批准同意和时任南山寺方丈新成法师支持下而得以建成。
南山寺别院大雄宝殿的楹联:三觉圆，万德具，四生六道为慈父;五住尽，二死亡，九地十轮作导师。
这幅楹联也是“嵌数联”，由南山寺原住持圆湛大和尚撰并书。上联中的“三觉”指自觉、觉他、觉行圆满;“万德”谓在一佛的名字上具有万种之德;“四生”指胎生、卵生、湿生、化生;“六道”指天、人、阿修罗、畜生、饿鬼、地狱。下联中的“五住”指五种烦恼即三界的见惑、欲界的思惑、色界的思惑、无色界的思惑、无明住地惑;“二死”指分段生死与变易生死;“九地”又名九有，三界共有九地;“十轮”即如来的十力。
南山别院里供奉着释迦牟尼佛、观音菩萨、地藏王菩萨。
这里，市民游客都称为南山“老庙”，特灵验。
南山别院里供奉着释迦牟尼佛
南山别院里供奉着释迦牟尼佛
南山别院里供奉着释迦牟尼佛、观音菩萨、地藏王菩萨。
这里还设有摇签处，不少游客专门过来求上一灵签。
还有一种说法，这里的“别”字是临时的意思。
南山别院里供奉着释迦牟尼佛、观音菩萨、地藏王菩萨。
南山别院里供奉着释迦牟尼佛、观音菩萨、地藏王菩萨。
南山别院入门口处的大肚弥勒佛。这
